【令和7年度税制改正反映】博士課程で収入を得たらかかる税金と社会保険まとめ【徹底解説】

こんにちは。ぱにです。

ぱに

医学系の研究室で博士号取得を目指しています。

この記事では、博士課程で無事に経済支援を受けられた方向けに、税金や社会保険の負担について、徹底的に解説していきます。

まずは、学振DCやフェローシップなどの支援を得られた皆さん、本当におめでとうございます！

安定した収入が得られるというのは、研究生活にとって大きな安心材料ですが、その一方で納めなくてはならない「お金」も発生するのもまた現実です。

こんな疑問や悩みを抱えている方も多いのではないでしょうか。

実際、大学は、納税の義務があるから自分で調べな！詳細は各自治体に聞いてがんばって！で終わり。ちゃんと教えてもらえる機会はほとんどありません。

そこでこの記事では、現役の博士学生であり、FP3級の資格を持つ僕が、税金や社会保険の全体像をわかりやすく整理してお伝えしたいと思います。

是非最後まで読んで、公的負担の概要を掴むのに役立ててください。

細かい話はいいから、年間の負担シミュレーションが見たいという方はこちらからどうぞ。

経済的支援制度については、以下の記事でまとめていますので、併せて参考にしてください。

2022-06-17 【2025年版】博士課程のための経済的支援制度まとめ【徹底解説】

本記事では、保険料・税金・年金制度などについて一般的な情報を紹介していますが、個別の事情に応じた税務相談や年金相談には応じられません。
制度の詳細やご自身の状況に応じた正確な対応については、必ずお住まいの市区町村の窓口、年金事務所、または税務署へご確認ください。
なお、税務相談は税理士資格を有する者のみが行えると法律で定められていますのでご注意ください。

内容に誤りがございましたら早急に修正致しますので、コメントやお問い合わせよりご連絡いただけますと幸いです。

おかげさまで博士課程に対する経済的支援が拡充したことで、多種多様な経済的支援が存在しています。

そこでまず大切なのは、その収入がどの所得区分にあたるかを知ることです。

博士学生が得る収入は、ざっくり以下に分類されます。

① 給与所得

いわゆる「給料」として支払われるもので、アルバイトでもらうお金と同じ扱いになります。

お金を支払う側には年末に源泉徴収票（1年間の収入や税額が書かれた証明書）を発行する義務があります。

裏を返せば、源泉徴収票を受け取った場合は給与所得ということになります。

以下のような支援が該当します：

• 学振DC
• TA（ティーチング・アシスタント）
• RA（リサーチ・アシスタント）※契約形態による

このタイプの収入は、「給与所得控除」が適用され、一定額までは非課税になります。

② 雑所得

一方で、給料ではなく、「支援金」や「生活費補助」として受け取るタイプの収入は、原則として雑所得に分類されます。

以下のようなフェローシップが該当します：

• 次世代研究者挑戦的研究プログラム
• 次世代AI人材育成プログラム
• 科学技術イノベーション創出に向けた大学フェローシップ
• その他大学独自のフェローシップ（※給与ではない形態のもの）

雑所得には給与所得控除がなく、収入の額がそのまま合計所得金額になるため、給与で同じ金額をもらうケースに比べて、基本的に税金が高くなります。

③給付型奨学金

もうひとつの主要な収入源として、給付型奨学金があります。

これは返済不要で支給される奨学金であり、進学時に申請している人も多いと思います。

代表的なものは以下のような制度です：

• 日本学生支援機構（JASSO）の給付型奨学金
• 自治体や財団による給付型奨学金（〇〇財団など）

このタイプの収入は、原則として非課税です。

支給元の案内文や交付要項に「課税対象外」と明記されている場合がほとんどですので、確認しておくようにしましょう。

上記の3つの他には、たとえば学会等での賞金が一時所得に分類されるなど、細かい所得の分類が存在しますが、課税対象の所得としては、「給与所得」と「雑所得」を押さえておきましょう。

所得税とは？

所得税は、1年間の「所得」（＝収入から必要経費や控除を引いた金額）に対して課される、国に納める税金です。

大学生や大学院生であっても、給与所得が年間160万円以上（令和7年より改正、それまでは130万円以上）、または雑所得が95万円以上（令和7年より改正、それまでは48万円以上）があれば納税義務が発生します。

所得税は、その年の1月1日〜12月31日までの課税所得に基づいて計算されます。

収入の区分が「給与所得」か「雑所得」かで納める方法が異なります。

• 雑所得など源泉徴収のない収入は、翌年2〜3月に確定申告をして税額を確定・納税します。
• 一方、給与所得（源泉徴収あり）の場合は、その年の収入に応じて毎月の給与から税金が自動で天引きされます（＝源泉徴収）。年末には、過不足を年末調整で精算します。

雑所得なら確定申告は必須

確定申告とは、毎年1月から12月までの収入や控除を整理し、自分で税額を計算して国に報告・納税する手続きです。

博士学生の場合、自身の収入の種類によって、確定申告が必要かどうかが決まります。

• 給与所得のみで、かつ源泉徴収済み（給与を受け取る時点で税金が差し引かれている）
  → 基本的に確定申告は不要
• 雑所得がある／2種類以上の所得がある
  → 確定申告が必要

学振は給与所得に該当するため、すでに源泉徴収された後の金額が支給され、確定申告は不要です（学振以外の給与がない場合）。

JSTの次世代やフェローシップなどの生活支援費は「雑所得」に該当するため、確定申告の対象になります。

所得税額の目安

以下に、博士学生によくある2つのケース（給与所得／雑所得）について、所得税の目安を示します。

【表1-1】給与所得の場合（令和7・8年（限定措置期間））

【表1-2】給与所得の場合（令和9年以降）

【表2-1】雑所得の場合（令和7・8年（限定措置期間））

【表2-2】雑所得の場合（令和9年以降）

住民税とは？

住民税は、都道府県（県民税）と市区町村（市民税）に納める地方税で、前年の1月1日〜12月31日までの課税所得に応じて課されます。

大学生や大学院生であっても合計所得金額が45万円以上（給与所得換算で110万円以上（2025年度より改正、それまでは100万円以上））の収入があれば納税義務が発生します。

住民税には、大きく分けて2つの納付方法があります。

• 特別徴収：給与から天引きされる
• 普通徴収：自分で納付書を使って支払う

博士学生の主な収入である学振や雑所得区分の生活支援金は、自分で支払い手続きをする普通徴収となります。

住民税は、翌年の6月・8月・10月・翌々年1月の年4回に分けて、または6月に一括で納付書を使って支払います。

一括で納付しても、税額は変わりません。

自分で支払うのが基本

繰り返しになりますが、博士学生の収入は普通徴収（自分で納付）となるケースがほとんどです。

6月ごろに自宅へ納付書が届き、QR決済・銀行・コンビニ・口座振替などで自分で支払う必要があります。

納付書は前触れもなく郵送されるため、見落としには注意が必要です。

税額のしくみ

住民税は、次の2つの要素で構成されています。

• 均等割：所得の多寡にかかわらず、一律で課される定額部分（多くの自治体では年間5,000円程度）
• 所得割：課税所得に対して約10%課される部分

住民税額の目安

以下に、博士学生によくある2つのケース（給与所得／雑所得）について、住民税の目安を示します。

【表3】給与所得の場合（令和7年以降）

【表4】雑所得の場合（令和7年以降）

国民健康保険とは？

国民健康保険（以下、国保）は、会社に所属していない自営業者や学生などが加入する公的医療保険です。

博士学生の多くは大学に雇用されているわけではないため、会社の健康保険（社会保険）には入れず、国保への加入が必要となります。

国民健康保険料は、前年1月〜12月の所得をもとに、その年の保険年度（4月〜翌年3月分）の保険料が決定されます。

多くの自治体では、保険料の通知書が6月ごろに送付され、そこから年度末までの分を最大10回の分割で納付します。

また、保険料を一括で前納することもでき、割引制度がある自治体もあります。

国保への加入は義務付けられている

普段病院に行かないからといって、国保の加入を見送ることはできません。

日本には世界的にも恵まれた国民皆保険制度が採用され、年齢や職業、健康状態にかかわらず、誰でも医療保険に入ることができます。

その一方で、この制度を持続させるには「全員が加入すること」が必要条件です。

もし加入が任意だと、健康な人が加入をせず、健康状態の悪い人が積極的に加入する逆選択が働き、公的制度が破綻してしまいます。

だからこそ、日本では健康状態にかかわらず、すべての人に加入が義務付けられているのです。

医療保険に加入していれば、病気やケガの治療を原則3割の自己負担で受けられるだけでなく、高額療養費制度などの公的支援も利用できます。

たとえ今は健康でも、万が一の事故や大病に備えるためにも、国保への加入は必須となります。

博士経済支援によって扶養から外れた場合は、14日以内に加入手続きが必要です。 これを過ぎて病院にお世話になると厄介ですので、早めに準備をしておきましょう。

企業の社会保険（健康保険）との違い

企業勤めの方などは、国保ではなく社会保険（健康保険を含む）への加入が義務付けられています。

国保との大きな違いは、保険料が会社と折半になり、自己負担分も給料から自動で天引きされる点です。

一方で博士学生は、ただでさえ多くはない収入から保険料を全額自己負担しなければならず、国保の経済的負担は決して小さくありません。

支払った保険料は控除の対象になる

国保の保険料は、翌年の確定申告や年末調整で社会保険料控除として申告でき、所得税や住民税の軽減につながります。

控除の対象となるのは、その年の1月1日から12月31日までに実際に支払った金額です。

社会保険料控除の対象になるのは、いつの分を払ったかではなく、いつ実際に支払ったかで判断される点に注意が必要です。

国民保険料の目安

国民健康保険料は、（課税所得 × 所得割率）＋均等割額（＋平等割額（※世帯ごと））の合計で算出されます。

以下に、博士学生によくある2つのケース（給与所得／雑所得）について、の目安を示します。

【表5】給与所得の場合

【表6】雑所得の場合

国民年金とは？

国民年金は、日本に住む20歳以上60歳未満のすべての人が加入する、公的年金制度の基礎部分です。

会社員や公務員の場合は厚生年金に加入しますが、大学に雇用されていない博士学生の多くは、国民年金に個人で加入する必要があります。

保険料は所得にかかわらず一律です。

毎月納めるのが基本で、納付書は例年4月上旬に届きます。

半年分や1年分、2年分をまとめて前納することで割引を受けられる制度もあります。

年金とは老後のためだけではない

まだまだ先の老後のために支払う必要性を感じない人も少なくないと思います。

しかし、国民年金の重要な役割は老後の年金だけではありません。

障がいを負ったときの障害年金や、家族を遺して亡くなった場合の遺族年金といった、万が一のときの備えとしての意味合いも大きいのです。

たとえば、事故や病気で障がいを負った場合でも、年金に加入していなかったり、未納が続いていたりすると障害年金を受け取れないことがあります。

企業の厚生年金との違い

企業に勤める人は、基礎年金に加えて厚生年金にも加入しており、その保険料は基礎年金分も含めて会社と個人で折半されます。

そのため、自己負担額は博士学生より多くなる場合もありますが、長期的に見れば、企業が半額負担してくれるうえ、将来受け取れる年金額も多くなります。

一方で、博士学生は厚生年金に加入できず、基礎年金のみを全額自己負担しなければなりません。

最終的に老後で受け取れる年金額は、企業勤めの人と比べて差がついてしまい、将来の備えという点で出遅れてしまうのが実情です。

納付猶予制度は適用外となる可能性が高い

収入の少ない学生にとって、国民年金の負担は決して軽くありません。

このような場合には学生納付特例制度を利用すれば、本人の前年所得が128万円以下（給与取得換算で194万円以下）であれば、保険料の支払いを猶予してもらえます。

ただしこの制度はあくまで「猶予」にすぎず、支払いが免除されるわけではありません。

3年度目以降に追納する際には、経過期間に応じて加算額が上乗せされることに注意が必要です。

一方で、未納とは異なり将来の年金受給資格を守ることができ、追納時にはその支払いが社会保険料控除の対象となるため、将来的に税負担を軽減できる可能性もあります。

なお、学振で研究遂行経費を一定額以上申請した場合は、学生納付特例制度を利用できます。

それ以外のケースでは、経済支援等で所得要件を超えてしまい、猶予の対象外になるケースが多いです。

申請は毎年必要なので、住民票のある自治体や年金事務所で手続きを行いましょう。

支払った保険料は「社会保険料控除」の対象になる

年金保険料は、確定申告や年末調整の際に社会保険料控除として所得控除の対象になります。

支払った年金保険料の分だけ課税所得が減り、結果的に所得税や住民税の負担が軽くなります。

親が本人の年金保険料を支払っている場合でも、控除を受けられる可能性があるため、確定申告時に確認してみましょう。

国民年金保険料の目安

令和7年度の国民年金保険料は月額17,510円で、所得にかかわらず一律です。

この5年間ほど、年間およそ20万円前後で推移しており、収入の少ない博士学生にとっては無視できない経済的負担となります。

親の扶養について

研究遂行経費について

経費（JST次世代やフェローシップ等）について

勤労学生控除について

青色申告について

いくつかありそうなパターンで支払額のシミュレーションをしてみます。

それぞれの計算式や補足は、これまでのセクションを参照してください。

1年目というのは、研究支援金の受け取りが始まる4月を含む年の1月から12月を指し、秋入学は考慮していません。

所得税は令和9年以降の基礎控除を用いて計算します。

国民健康保険料および国民年金（令和7年度）は月賦払いとして計算します。

住民税の額が大きい時は参考として4分割の支払額も記載しますが、手取り計算は簡略のため一括支払いとして行なっています。

A.学振1年目

B.学振2年目

C.学振3年目

D.学振3年目（研究奨励金特別手当採用）

E.JST次世代1年目

F.JST次世代2年目

G.JST次世代3年目

H.JST AI1年目

I.JST AI2年目

J.JST AI3年目

K.1年目JST次世代（E.）→2年目学振採用の2年目

L.1年目JST次世代（E.）→2年目学振採用の3年目

この記事では、博士課程で生じる税金や社会保険について解説してきました。

この分野は、細かな制度改正や一時的な減税（定額減税など）がたびたび行われるため、情報を追い続けるのは容易ではありません。

それでも、2025年時点の最新情報をできるかぎり整理できたのではないかと思います。

支給額と手取りの差に驚いた方もいるかもしれません。

しかし、手元に残る金額のイメージがつけば、生活や貯金、たまの趣味に充てる計画も立てやすくなるはずです。

そして、博士課程に進もうという皆さんであれば、数字をもとにした見通しや逆算も、きっと難なくこなせるはずです。

この記事が、博士課程での生活設計に役立つ情報となれば幸いです。

では。

今回特に、この記事を作成するにあたって、たくさんの記事を参考にさせていただきました。
以下のリンクはその一部となります。この場を借りて御礼申し上げます。

【参考URL】

令和７年度税制改正による所得税の基礎控除の見直し等について｜国税庁

令和７年度税制改正による 所得税の基礎控除の見直し等について（源泉所得税関係）（PDF）

給与所得者で2025年の住民税がかからない年収。2026年は変わる？ | 税金・社会保障教育

令和7年度税制改正大綱～『年収・扶養の壁』どうなる？～ ｜ブログ｜アイユーコンサルティンググループ

【2025年5月最新】103万円の壁とは｜引き上げいつから？扶養控除はどうなった？

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